平成28年度税制改正により、国税関係書類に係るスキャナ保存制度については、スマホやデジタルカメラによる国税関係書類のスキャナ保存が可能となり、受領者が特に速やか（3日以内）にタイムスタンプを付す要件のほか、税務代理人が定期検査を行うことで相互けん制要件を不要とする「小規模企業者の特例」が創設されました。


これらの改正は平成28年9月30日以後に提出する申請書に係る国税関係書類について適用され、同日前に提出した申請書に係る国税関係書類については従前どおりとなっております（電帳法規附則②）。保存義務者がスキャナ保存の承認を受けようとする場合には、スキャナ保存をもって国税関係書類の保存に代える日の3月前の日までに申請書を提出する必要があります（電帳法6②）。


申請書に不備がなければ、原則としてみなし承認とされます。改正後の申請書の受付開始は平成28年9月30日。逆算すると、平成29年1月1日から改正後のスキャナ保存を行う場合は申請書の提出日が平成28年9月30日に限られることとなります。平成29年4月1日から行う場合は平成28年12月31日までに所轄税務署長に申請書の提出が必要となります。


なお、改正前の要件に係る承認を受けた保存義務者が、改正後の要件でスキャナ保存しようとする場合は申請書を提出すればよく、改正前の要件に係る承認の「取りやめ届出書」や「変更届出書」の提出は不要となります。一方、平成28年9月30日以後に申請書を提出して承認を受けない場合は、改正前の要件のままで保存することとなります。


電磁的記録等による保存等の承認を受けようとする場合は、申請書の提出期限までにすべての要件を満たしていなくても、現実に電磁的記録等による保存等を行うに際して満たしていることが要件とされています。つまり、電磁的記録等による保存を開始する日までに満たすことができれば問題ないとされています（電帳法Q＆A問30等）。


税務代理人が定期的な検査を行う「小規模企業者の特例」においては、定期的な検査を行うまでにその要件が満たされれば税務代理人が定期検査を行うという要件は満たすこととなり、承認申請時点において税務代理権限証書が提出されている必要はなく、定期的な検査を行うまでに提出されていれば足りるとしています。

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